Normalmente las hipotecas para VPO no llevan comisiones. En el plan anterior pone esto:
2. Los préstamos convenidos serán concedidos por
entidades de crédito que hayan suscrito con el Ministerio
de Vivienda los convenios a que se refiere el artículo 79, y
dentro del ámbito y las condiciones que éstos establezcan
y no se podrá aplicar comisión alguna por ningún concepto
en relación con dichos préstamos convenidos.
De todas formas, lo mejor es que te leas el boletín de tu comunidad, donde te vendrá todo regulado y especificado.
Posiblemente alguien en la consejería de turno te pueda informar.
Si aún no le has echado un vistazo al plan estatal de la vivienda, puedes mirarlo aquí: http://www.boe.es/boe/dias/2008/12/24/pdfs/A51909-51937.pdf donde seguro que te habla de los préstamos hipotecarios y de si pudiera haber alguna garantía adicional exigida además de la propia vivienda.
Salu2.