Desconozco el motivo de ese límite. Este artículo te puede aportar un poco más de luz al asunto de las transferencias:
http://www.consumer.es/web/es/economia_domestica/sociedad-y-consumo/2008/01/08/173564.php
En cuanto al límite de importe en cuentas online, si que puede existir si las haces por internet, como muy bien indica el forero Empty, y depende de cada entidad. Otra cosa es que te dirijas a la oficina FISICA de la entidad online, en cuyo caso no deberian ponerte ningún problema para realizar la transferencia por la totalidad del saldo, pero mucho ojo si haces esto porque la comisión te puede salir MUY CARA. Piensa que las bonades de SIN COMISIONES de las cuentas online en la mayoria de los casos es subordinada a que hagas la operación por internet.
Opción gratis que hacemos todos: OTE (tarda hasta 5 dias en llegas a tu otra cuenta) o sacar la cantidad en ventanilla con preaviso de un mínimo de 48 horas sin son cantidades superiores a 3000 euros (para cantidades inferiores no suelen poner problemas).
Saludos