Aquí hay dos cosas a tener en cuenta.
1º) Recuperar el dinero. Cosa que al parecer ya estás consiguiendo. Enhorabuena.
2º) Que no vuelva a pasar.
Respecto al 2º punto hay varias cosas que yo tendría en cuenta.
- En primer lugar, que nadie me venga con milongas. Nadie me puede certificar que mis equipos estan 100% seguros.
- En segundo lugar, el banco me tiene que proporcionar herramientas que me den seguridad en la operativa. Como dices, el uso de los SMS de confirmación dificulta la operativa; pero es que, cualquier sistema de seguridad que metas lo hará. Busca el equilibrio entre seguridad y comodidad.
Desconozco cuantas personas operan con las cuentas de la empresa, pero si son varias, y en vista de lo ocurrido, yo pediría al banco un código de usuario diferente con su correspondiente contraseña (personal e intransferible) para cada persona física que toque en las cuentas. De esta forma, se sabrá en todo momento quién ha realizado las operaciones.
Pediría también algún sistema de protección que me de seguridad. Si no te parece operativo el SMS, que os proporcionen tarjetas de coordenadas o algún sistema similiar que impida que alguien que sepa el usuario y la contraseña de uno de los empleados pueda operar.
Efectivamente, si el coladero lo tiene el banco estas medidas no te van a proteger, pero si te pueden servir de defensa ante el banco y te van a proporcionar mayor tranquilidad.