Normalmente, el salario base es el que marca el convenio para tu categoría profesional. Es decir, sería lo mínimo que la empresa debería pagarte. A partir de esa base se negocia una mejora entre empleado y empresa que se puede reflejar como complemento o como plus. La diferencia es que el complemento consolida y el plus debería ser algo puntual que se puede quitar o poner en función de algo variable. Por ejemplo, un plus por productividad, puntualidad, bajo absentismo, etc.
Por lo que explicas en tu caso, creo que tiene más sentido un complemento, pero no creo que tenga demasiada repercusión, porque deduzco que es fácil demostrar que ese plus voluntario también tiene carácter consolidado.
En cualquier caso, tanto salario base, como complementos, como pluses, cotizan a la Seguridad Social y por lo tanto se tienen en cuenta para cobrar el paro. No creo que debas preocuparte.
Espero haberte ayudado.