En las compras españolas adheridos a sistemas de proteccion on line si que funciona la seguridad del sms o suele haber una entidad puente que rechaza las transacciones si no estan debidamente autorizadas con estos medios.
Pero en compras en el extranjero se carga a la tarjeta directamente, dame un nombre un numero de visa los datos de "seguridad": fecha de caducidad y 3 digitos posteriores y les basta para realizar la compra en firme. No estan adaptadas a que haya esta seguridad, si tu tarjeta no aceptara esa forma de pago directamente no podrias comprar en buena parte del mundo.
Es probable que esas tiendas hagan un cobro internacional de la tarjeta sin los protocolos de seguridad que esperas que existan en la transaccion.
Yo he tenido cargos de 3.000 dolares sin sms mientras que para pagar un perfume en una tienda online te envian un sms de comprobacion. En general no suelo dar los datos de la tarjeta e ir tirando de paypal en la medida de lo posible para evitar que se almacenen los datos economicos en muchos sitios, no siempre es posible y entonces toca analizar la fiabilidad de la web donde dejas los datos de pago.
Creo que lo que toca es pasar por comisaria denunciar los hechos y luego pasarte por el banco para que este reclame a visa o mastercard aportando tu denuncia. Consumo te puede asesorar de todo esto pero te dira que presentes la reclamacion en el propio banco y el banco de españa no atendera tu reclamacion si no hay otra anterior presentada al banco y no te gusta su respuesta o bien han pasado mas de x meses sin respuesta.