Buenas, en primer lugar el cálculo del iva es sencillo: repercutido (ventas) - soportado (compras). En el soportado te puedes deducir la gasolina, gestora... Por lo tanto el cálculo seria sumar lo que factura una empresa (solo el iva) y lo que soporta la empresa.
Antes de seguir, en el ejemplo que pones si tienes un gasto de gestoria, ¿se supone que el asesor tiene la capacidad para realizar estos cálculos, no es así?
En segundo lugar! El beneficio seria, ingresos - gastos. La nómina del administrador depende también de la categoría profesional que tenga, no es el mismo salario para un auxiliar administrativo que para un gerente. Por lo tanto, la nomina va en función de los beneficios obtenidos y de la categoría profesional.
Y en tercer y último lugar, para calcular el impuesto sobre sociedades, a priori se debe saber el beneficio de la empresa (contablemente hablando, según el PGC, cuentas 7xx - 6xx. Una vez obtenido el beneficio, se restan posibles deducciones que haya tenido la empresa en el ejercicio y posteriormente se le aplica un tipo impositivo que varía según la facturación obtenida en dicho ejercicio (20%,30%...)
De todas maneras, si esto en realidad no es "un ejemplo", lo mejor es que contrates unos servicios profesionales de asesoría y esto lo tramitarán ellos y te evitas problemas.
Un saludo, espero haberte ayudado.