Prorrata Especial

Hola tengo una S.L. y llevo 2 años en prorrata general al 58%( alquiler de locales y viviendas). Cerrando el iva, me sale la prorrata especial mayor que la general. Tengo un total de 3521 de iva soportado y se distribuye en no exenta: 680 exenta:360 y común: 2481. Este año la prorrata me baja al 50% y el resultado es Prorrata general 3521 * 50%: 1760.5 y la especial 680 + 1240.50(2481*50%)= 1920,50. Vamos que si lo he hecho bien, me sale mejor cambiar a la especial. Mi duda es que me han dicho que hacienda inspecciona los cambios de prorrata general a especial, y que al pasarte a la especial, tengo que modificar la contabilidad en el año 2017, para llevar el control de la prorrata especial. Me gustaría que por favor me dijerais si he realizado bien los cálculos, y si es verdad que tengo que modificar la contabilidad y la forma de contabilizar para ajustarme a la prorrata especial, y si supone algún perjuicio a nivel de hacienda este cambio de prorrata. Perdón por lo extenso. Gracias.