Dudas de fiscalidad. España - Autónomos

Hola, buenas noches. Hace un tiempo que estoy tratando de solucionar un tema fiscal, y no sé ni por dónde empezar. Quisiera plantearlo, y si alguien me pudiera ayudar, estaría muy agradecido. 

En primer lugar, soy y vivo en España.
Yo soy programador, y hago apps. 
Estas apps las cuelgo en una web de Chipre, y ellos las venden. Son ellos los que cobran el IVA al cliente, y a mi me dan una parte de la ganancia por la venta del producto. 

Tengo claro que debo hacerme autónomo. Pero no tengo clara la parte fiscal.
No sé si me tengo que registrar en el ROI (registro intracomunitario). No sé si yo tengo que hacer otra factura y volver a pagar el IVA. En definitiva, no sé cuál es el procedimiento.

Ya he consultado con algunos gestores administrativos, pero diría que son un poco anticuados y no tienen ni idea de estas cosas. 

Cualquier aportación será bienvenida. Muchas gracias