Hay consultas de la Dirección General de Tributos que van en sentido contrario al que indicas con respecto a las retenciones.
Por ejemplo la V0826-13
http://petete.minhap.gob.es/Scripts/know3.exe/tributos/CONSUVIN/texto.htm?NDoc=25839&Consulta=%2EEN+NUM-CONSULTA+%28V0826-13%29&Pos=0&UD=1
Que dice:
La conceptuación que de los rendimientos profesionales realiza la normativa del IRPF, para la cual busca apoyo en el IAE y concretamente en las actividades encuadradas en las Secciones Segunda y Tercera de las Tarifas del mismo como profesionales y artísticas, no puede quedar desvirtuada por lo dispuesto en el número 3 de la Regla 3ª de la instrucción del impuesto municipal, que ordena la tributación y matriculación de acuerdo a la Sección Primera de las Tarifas (actividades empresariales) a las personas jurídicas o entidades del artículo 35.4 de la Ley General Tributaria cuando realicen actividades clasificadas en la Sección Segunda. Esta regla sólo resulta operativa en el ámbito del IAE, no extendiendo sus efectos al ámbito del IRPF, donde la distinción se realiza en función, únicamente, de la actividad en sí misma considerada, con independencia de si su ejercicio se realiza por una entidad de las referidas en el artículo 8.3 o de forma individual por una persona física. Con esto se quiere decir que si una determinada actividad está incluida en la sección segunda de las tarifas del IAE, su ejercicio tanto por una persona física como por una entidad en régimen de atribución comportaría calificar los rendimientos obtenidos como derivados de una actividad profesional.
Por lo que se refiere a los libros las obligación por la parte correspondiente al IRPF se regula en el artículo 68 del Reglamento del IRPF.
Los profesionales en estimación directa, en cualquiera de sus modalidades, estarán obligados a llevar los siguientes libros registros:
a) Libro registro de ingresos.
b) Libro registro de gastos.
c) Libro registro de bienes de inversión.
d) Libro registro de provisiones de fondos y suplidos.
No obstante, los contribuyentes que lleven la contabilidad según lo previsto en el Código de Comercio, no estarán obligados a llevar estos libros registros.
Asimismo si la actividad empresarial es de carácter mercantil y tributa en estimación directa normal, contabilidad ajustada a lo dispuesto en el Código de Comercio.
No obstante cuando la actividad empresarial no tenga carácter mercantil o si está en estimación directa simplificada, las obligaciones contables se limitarán a la llevanza de los siguientes libros registros:
a) Libro registro de ventas e ingresos;
b) Libro registro de compras y gastos;
c) Libro registro de bienes de inversión.
No obstante, los contribuyentes que lleven la contabilidad según lo previsto en el Código de Comercio, no estarán obligados a llevar estos libros registros.
Saludos.
