Creo que estás confundido respecto a ese concepto: crees que las amortizaciones REDUCEN la ganancia patrimonial, pero, lo que hacen, es AUMENTARLA.
Me explico: si vendes un inmueble que haya estado arrendado o afecto a una actividad económica (sólo en esos casos, en el resto no hay amortización que valga), al importe de compra hay que RESTARLE (no sumarle) las cantidades que hayas aplicado en tus declaraciones en concepto de amortización de ese inmueble y, si no las aplicaste, la amortización mínima.
Por ejemplo: yo vendo una casa que he tenido alquilada 10 años, aplicando amortización como gasto para calcular el rendimiento del arrendamiento. En total, he aplicado gastos por ese concepto por 10.000 euros; es decir: en 10 años, he pagado menos impuestos porque me he aplicado esos 10.000 euros de gasto, porque decía que, el valor del inmueble, estaba reduciéndose en ese importe debido al uso.
Pues bien: cuando vendo, la ley indica: si tú has dicho que el valor del inmueble se ha reducido, y has pagado menos impuestos por ello, ahora tendrás que ser consecuente y declarar esa reducción de valor.
Así, si, cuando compré esa casa, me costó 100.000, el valor de adquisición que tengo que aplicar para calcular la ganancia obtenida es de 90.000.
Y, si vendo por 200.000, la ganancia por la que voy a tributar es mayor, por lo que pagaré más.
En tu caso: si has tenido el inmueble que vendes arrendado o afecto a una actividad económica, deberás restar el importe de las amortizaciones al valor de adquisición; si no ha estado arrendado o afecto a actividades, olvídate de ese concepto y declara la ganancia o la perdida con los valores de compra + gastos y venta - gastos, de manera normal.
Si las tienes, las amortizaciones, de haberlas practicado, serán la suma de éstas; si no las aplicaste, pero el inmueble estuvo alquilado o afecto a una actividad, igualmente hay que restar la mínima del valor de compra (la amortización mínima, en caso de inmueble arrendados, es el 1,5% hasta el 31-12-1998, el 2% hasta el 31-12-2002 y el 3% desde entonces).