Buenas Óscar,
Lo primero es delimitar cuando se tiene obligación de darte de alta como autónomo para la realización de actividades economicas, y lo normal es que siempre que vayas a realizar una actividad por cuenta propia te tengas que dar de alta en dicha actividad económica a través del modelo 037, lo cual no quiere decir que te tengas que darte de alta en el Reta en la seguridad social, son dos conceptos distintos y que se suelen confundir.
Dicho esto y viendo lo que comentas, no estabas dado de alta para realizar la actividad, pero además, para el límite para la obligación de presentar la declaración de la renta por actividades económicas es de 1000 euros con obligación de retención o no (no se de cuanto hablamos en la cantidad que le consta a Hacienda).
Con todo esto lo que haría es volver a revisar los datos y ver si estaba o no obligado a hacer la declaración de la renta, ya que si no lo estabas es raro que Hacienda te emita el certificado negativo. En caso de sí estar obligado lo que haría sería presentar la declaración de la renta de 2018 con la sanción que te corresponda por no haberla presentado en su día (es raro también que Hacienda no te haya mandado un requerimiento para la presentación de la renta, tal vez porque estabas obligado pero la declaración te salga a devolver y no a pagar).
Saludos