Vamos por partes. Lo primero de todo, es completamente legal realizar una subrogación a otro banco (cambiar la hipoteca de banco) si te refieres a "novación" consiste en cambiar las condiciones de la hipoteca con el banco que estás ahora. Lo más común en las VPO y VPA es solicitar una nueva hipoteca "libre" con la misma entidad. En cuanto a los intereses, no me parecen excesivamente elevados, de hecho el banco con el que compraste la VPA en su día te ofrece en teoría ventajas que otros bancos no pueden aplicar.
La Ley de Presupuestos Generales del Estado 2013 eliminó la deducción por compra de vivienda habitual para todas aquellas adquisiciones posteriores al 1 de enero de 2013, por lo tanto a ti no te afecta.
La deducción puedes seguir aplicándotela independientemente de la novación/subrogación mientras sigas cumpliendo con los requisitos de contratación de las VPA. Es decir, seguir siendo vivienda habitual etc.
Saludos!