Depende de lo que realmente le ocurra a ese disco duro externo, lo más probable es que tengas archivos en formato que no reconozca güindous, o que te haya cambiado el formato del disco duro y güindous no reconoce su contenido pero si su capacidad. Tampoco dices como te lo "reconoce" güindous.
Lo más lógico sería volver a conectar a la rapsberry para comprobar si realmente tiene archivos, puede ocurrir que existan archivos que no se muestren, como puede ser el caso de los puntos de restauración del sistema que ocupan espacio pero no se muestran normalmente.
Para recuperar a su estado inicial lo mejor suele ser formateo a bajo nivel, formateo a formato que reconozca güindous y disco duro como nuevo, pero esto implica perder absolutamente todo su contenido, aunque en la mayor parte de los casos puedes ahorrarte el de bajo nivel.
Puedes utilizar por ejemplo Hiren's Boot para comprobar y reparar el disco duro, hay muchas posibilidades de que no pierdas el contenido, y Easeus Partition Master en su versión gratuita para comprobar en qué formato está el disco duro y poder visualizar el contenido que está ocupando el disco duro (aunque si está en formato que no admita güindous vas a ver la ruta pero no vas a poder abrir el contenido, sin programa que lo abra en güindous y aún así puede costar conversión para visualizarlo).