Si no ha cambiado la legislación, el límite de los 3000 euros (en efectivo) es el límite que hay para que los bancos deban informar a la agencia tributaria. No quiere decir que no se pueda o sea ilegal, simplemente que el banco tiene la obligación de informar.
De igual forma debe informar si se usan billetes de 500 euros (que, de nuevo, no quiere decir que sea ilegal hacerlo), o si hay movimientos raros o muy frecuentes, por ejemplo si ingresas 2999 euros todos los días... :) Esto se conoce como "pitufeo" y es similar a lo que hacían los Pujol.
Para otras operaciones hay otros límites (préstamos a partir de 6000, transferencias a partir de 10.000, compras de acciones a partir de 10.000, etc.).
Es decir, si ingresas 4000 en efectivo, o un billete de 500, o transfieres 11000 euros, el banco tiene la obligación de informar. Lo que no quiere decir que sea ilegal o vayas a tener problema. Yo no trabajo en hacienda, pero si fuera así y recibiera una información de una transferencia de una persona a sí misma, no me entrarían las prisas por investigar... :)
De hecho, imagino que esto lo procesas algoritmos informáticos, y me apuesto el bocadillo del recreo a que tus movimientos no harían saltar ninguna alarma. ;P
¡Bah! carnero, oveja. A tu raza, a tu vellón y a tu clan sé leal.