Cuando la entidad decide que una comisión de 45€ pasa a ser 0€, solamente tiene que informar al cliente la entrada en vigor inmediata de unas condiciones claramente más ventajosas. Por contra, cuando la entidad decide -por el motivo que sea- que una comisión de 0€ pasa a ser 45€, tiene la obligación legal (art.22 de la anterior Ley de Servicios de Pago; art.33 en la "nueva" ley) de comunicar al cliente la modificación en tiempo y forma.
Por cierto, cuando por ejemplo una entidad decide mantener una comisión en sus condiciones, cobrarla igualmente al cliente pero ir retrocediendo el cobro por el motivo que sea después, se puede entender según el criterio del Banco de España que las buenas prácticas y usos bancarios exigirían también la comunicación previa e individualizada a los afectados explicando convenientemente las nuevas condiciones... «muy particularmente, el cese de la gratuidad de que hasta entonces venían disfrutando».
No sé si este caso cae en el primer o segundo bloque, por falta de detalles, pero sea como sea no veo justificación o argumento para no devolver la comisión... a no ser que la entidad pueda demostrar notificación al cliente *en tiempo y forma*.
Saludos
Art.22 LSP:
http://noticias.juridicas.com/base_datos/Admin/l16-2009.t3.html#a22
Art.33 "nueva" LSP:
http://noticias.juridicas.com/base_datos/Fiscal/632150-rdl-19-2018-de-23-nov-servicios-de-pago-y-otras-medidas-urgentes-en-materia.html#a33
Memoria de reclamaciones, 2017 del DCMR del BdE (ver págs.196-197 sobre "Modificaciones contractuales"):
https://www.bde.es/f/webbde/Secciones/Publicaciones/PublicacionesAnuales/MemoriaServicioReclamaciones/17/MSR2017_Documento_completo.pdf