Hola de nuevo,
Por lo que me cuentas, veo tres posibilidades, las dos primeras muy improbables.
Una, por supuesto, es que estemos ante un error, es decir, que se haya transferido al beneficiario un importe superior al nominal. En teoría, el beneficiario debería haberte avisado, pero ...
Dos, que estés interpretando mal la documentación que tienes en tus manos, y que todo esté OK.
Tres (la mas probable) que estemos ante la nueva metodología de contabilizacion de comisiones derivada de la Ley de Servicios de Pago. Como posiblemente conocerás, entró en vigor a finales del pasado año y ha supuesto una pequeña revolucion en algunos aspectos.
La ley obliga a que la clausula estandar en trf o domiciliaciones sea SHA (no como hata ahora que era OUR) y a que se detalle desglosada, es decir, a que si tu ordenas una trf de 1000 eur no te encuentres en tu cuenta un cargo de 1005 eur (5 de comision) sino dos cargos, uno por 1000 y otro por 5.
Esto, por absurdo que parezca, suponía un importante ajuste tecnológico en los procesos de muchas entidades, por lo que han tirado por la calle de en medio, y a efectos de sistemas nuestro ejemplo aparece en estos casos como una operacion ordenada por 1005 euros, de los que se desglosan 5 en concepto de comision.
Parece una idiotez pero ahora mimo eso esta pasando en muchas entidades, e intuyo que en tu caso puede ir por ahí. De todas maneras, yo lo que haría (igual ya lo has hecho) es conciliar esos documentos con los extractos bancarios de tu cliente y comprobar que trfs y comisiones se han ejecutado correctamente.
Saludos.