En puridad legal, creo que deberíais disolver esa CB y formalizar otra CB diferente.
Las CBs existen siempre y cuando exista copropiedad de algo, y se formalizan y obtienen un NIF concreto cuando participan en el tráfico económico.
Hasta ahora teneis una copropiedad a tres codueños, y en tripartito formalizasteis una CB para legalizar el arrendamiento de esa copropiedad.
Ahora planteas que sin desaparecer la copropiedad tripartita, subsista una CB que unifique y gestione los derechos y obligaciones económicas de dos de los codueños, dejando al margen los derechos y obligaciones del tercer codueño.
Suponiendo que la finca esa sea susceptible de aprovechamientos separados y diferenciados, es perfectamente legal, solo que esta nueva CB tiene por objeto cosas de naturaleza diferente a la CB actual.
En puridad legal, al ser la CB nueva una agrupación diferente de derechos y obligaciones, debería ser formalizada de manera diferenciada.
También es cierto que la agencia tributaria, y hasta cierto punto las normas legales, tratan las CBs como si de SCP se tratasen, y se admite altas y bajas de partícipes como si de socios se tratase.
Al ser muy simple la normativa legal existente, admite una cierta discrecionalidad de criterios interpretativos, así que lo mejor sería plantear directamente a tu delegación de la AEAT si admiten o consideran adecuado ese cambio de partícipes, teniendo en cuenta que el objeto de la CB en parte se mantiene en parte varía.
Supongo que si se admite el cambio de objeto, manteniendo NIF, tendreis que hacer un nuevo contrato que refleje el objeto de copropiedad y la finalidad de explotación.
Para la baja de un copartícipe, o la disolución de la CB existente, la base imponible es el capital o fondo común que se dotó inicialmente o que se haya podido generar, si es que lo hay. Si el capital inicial era 0, la base imponible de la separación o disolución es 0.
la plus belle des ruses du Diable est de vous persuader qu'il n'existe pas!