Buenas,
Tienes que registrar la vivienda en el registro mercantil para que sirva como garantía, aunque tengas responsabilidad limitada. Sin embargo, según dictan las condiciones de registro de un ERL:
La vivienda habitual objeto de exclusión de responsabilidad no debe estar afecta a la actividad empresarial o profesional del empresario, entendiéndose que ésta queda afecta cuando esté relacionada en el Libro de inventario o cuentas anuales.
Según lo entiendo yo, no se especifica que no puedas trabajar en ella, pero no podrás incluirlo en las cuentas como inmobilizado o realizar amortizaciones de la misma. De todas formas, puede llevar a diferentes interpretaciones, a ver si alguien puede aportar su visión.
Saludos.