Declaración IRPF administrador único y trabajador a la vez de una S.L.

Buenos días, rankianos:

Tengo un conocido que cada año se encuentra con un "problema". El es administrador único de una S.L. y tiene asignado un sueldo por lo que se le practican retenciones de IRPF y S.S.
Por otra parte él está obligado al ser administrador a cotizar en el RETA (autónomos).
En su nómina NO le aparecen las retenciones de Seguridad Social y en sus datos fiscales sí. (Ingresos-Retenciones IRPF-SS)
Hay algo que no cuadra ¿verdad?

1)¿Está obligado a cotizar por ambos regímenes? El ahora solo cotiza por autónomos
2)¿Se puede deducir los gastos de autónomos como gastos deducibles? Hacienda dice que no porque no trabaja por cuenta ajena.

Gracias por vuestras respuestas

En primer lugar si la cuota de autonomo la paga la empresa, se consideran rendimientos en especie y se le debe aplicar la retencion de IRPF en la misma, los datos fiscales que le aparecen en Hacienda, son por que el asesor laboral ha dado esa información, por tanto parece raro, yo comprobaria la nomina esta de administradores remunerados ya que suelen ser un poco liosas respecto al calculo de las retenciones y el desglose.

Si cotiza como autonomo no es necesario que lo haga tambien en regimen general.

Saludos.

Muchas gracias, juan_pc. El autónomo se lo paga él. A mi parecer es un "error" de su gestor, que comunica a Hacienda las cuotas del administrador-empleado erróneamente.