Bajo mi punto de vista, no puedes confirmar el borrador. Tienes que hacer la declaración con el programa PADRE y presentarla en la Agencia Tributaria. Debes de rellenar la casilla de "Representante" (que coincidirá con uno de los herederos). Si sale a pagar, te dirán la forma de efectuar el pago.
Si sale a devolver, tendrás que adjuntar todo el papeleo: certificado de defunción, certificado de últimas voluntades, testamento y un documento en que todos lo herederos autoricen que uno de ellos sea el que reciba la devolución en nombre de los demás. (Generalmente el que haya firmado como "Representante")
Si confirmas el borrador, puede que no ocurra nada. Pero si la devolución se produce cuando las cuentas de tu madre ya se han cancelado, la devolución no se efectuará. Lo mismo ocurrirá si el titular de la cuenta que pongas en el borrador para que ingresen, no coincide con el titular de la declaración. En el caso de que la declaración fuese a pagar, no sé que incidencia tendría hacer el pago desde una cuenta en que no coincide el titular con la del contribuyente.
Saludos.