Minusvalia 33% y nómina

Hola a todos,
La cuestión es que a mi hermana le dieron hace unos dos años la minusvalia del 33%.Antes de tener la minusvalia al hacer la declaración no le devolvían nada,y en los últimos años al aplicarle la desgravación le han devuelto entre 700 o 800€.
El problema es que este año le tenían que subir la nómina,para poder ejercer su trabajo.Pues mi preocupación es que legalmente representa que al subirle la categoria cobra 1500€ cuando en realidad no le han subido nada,cobra 1100€ en mano.
Mi preocupación es que si en teoría cobra más representa que le tienen que retener mas no?por lo tanto el año que viene no le devolverán los 700 o 800€ que le devolvían hasta ahora.
Yo le he dicho que hable con su jefe i que le aclare si esto es un perjuicio para ella,como puede ser que legalmente ganes una cantidad de dinero mucho superior a lo que realmente estás ganando?peró ella tiene miedo de perder el trabajo y por eso se conforma!Tengo miedo a que no solo no le han subido el sueldo sinó que perderá el dinero que le devolvia hacienda.O quizás por ser minusválida tiene una cotización especial?
Muchas gracias por vuestra ayuda y tiempo.