Copio y pego de las respuestas de la AEAT:
10. ¿Cuáles son los documentos exigibles para justificar la repercusión indebidamente soportada?
El artículo 14.2.c).1º. del RRVA exige que la repercusión del importe del tributo se haya efectuado mediante factura o documento sustitutivo cuando así lo establezca la normativa reguladora del tributo. La Ley creadora del IVMDH establece que “Cuando, con arreglo a la normativa vigente, la operación gravada deba documentarse en factura o documento equivalente, la repercusión de las cuotas devengadas se efectuará en dicho documento separadamente del resto de conceptos comprendidos en la misma …”, admitiéndose autorizaciones de simplificación.
El Reglamento de facturación (aprobado por Real Decreto 1496/2003, vigente hasta el 1 de enero de 2013) establece que la obligación de expedir factura podrá ser cumplida mediante la expedición de tique y copia en ventas al por menor, cuando su importe no exceda de 3.000 euros, IVA incluido y el destinatario no sea empresario profesional.
En todo caso, en el documento utilizado (factura o documento equivalente, tique) debe figurar el importe repercutido por IVMDH, o la mención de que el IVMDH se encuentra incluido en el precio cuando esta simplificación hubiera sido previamente autorizada por el Departamento de aduanas e Impuestos Especiales.
Saludos.