Y por qué crees que debes de pagar lo que dices? eso sí que no lo entiendo yo.
Has de saber que el IRPF es un impuesto progresivo. Es decir: si ganas mil, pagas 200; pero si ganas 2000, no pagas 400, sino 450. Son números inventados para que veas lo de la progresividad.
Tienes ingresos sin retención, de ahí que tengas que pagarla ahora. No sé en qué te basas para decir que tendrías que pagar unos 500 y no lo que te sale.
Si tus datos económicos, familiares y demás están correctamente en el borrador y/o en el programa padre, y te sale eso a pagar, es correcto.
Según los ingresos y la situación familiar y personal, según tablas sale a pagar una cantidad de IRPF. Si no se descuenta en las nóminas, paro, etc., se regulariza en renta.