Salarios declaradas en el 2009 y parcialmente pagados por el FOGASA en 2013

Trataré de exponer este asunto con la mayor brevedad posible, por si alguien puede darme un poco de luz, ya que ando muy perdida.
En octubre 2009, me despiden se presenta demanda por despido con resolución en febrero 2010, en la cual se fija la cantidad total que tienen que pagarme y se fija una cuota de 1500 euros mensuales, sin identificar que parte correspondía a salarios impagados y que parte a indemnización.
Desde Febrero del 2010 hasta mayo 2012 voy cobrando cantidades mas o menos regulares, hasta que dicho cobro se paran y me voy obligada a solicitar la ejecución de la sentencia.
En el momento de presentar el IRPF de 2009, yo ya había cobrado un importe superior a la parte correspondiente a salarios que la empresa había declarado, con lo que yo me limite a confirmar el borrador de hacienda.
En Mayo del 2013, Fogasa me paga prorrateando el importe en sentencia, con la parte pendiente de pago, asignando 3500 euros a salarios.
En octubre 2014, hacienda me reclama la declaración de los 3500 euros (recordemos que yo los declare en 2009) sin aplicar las retenciones y S.S. correspondiente.
Ya se que que legalmente no es correcto declarar unos salarios que yo no había recibido en 2009 y por mi ignorancia como los había cobrado en 2010 en el momento de hacer la declaración, no lo tuve en cuenta. Lo que necesito saber si alguien conoce como puedo argumentar mi contestación a Hacienda, para evitar declarar dos veces por el mismo concepto.
Para más desgracia el 2009 esta cerrado.
Tampoco entiendo como por 3500 euros las paralela me sale a pagar mas de 1.000, pero eso es otro tema...
Muchísimas gracias.