Es indiferente que tribute a la SS.SS por Autonomos, se declara como rendimientos del trabajo.
En los "Datos Fiscales" debes tener las cuotas tributadas a la SS.SS por ella como empleada, pero no tienes los ingresos recibidos, que si cobra mediantes recibos mensuales, sera la suma de estos o lo estipulado en cada contrato con sus empleadores.
Como te han comentado anteriomente, no es factible que te interese hacer declaracion Conjunta, ya que al sumar los salarios, no compensa la progresividad del impuesto con la reduccion por conjunta. El PADRE te calcula la Conjunta por la suma de las dos individuales que son las que debes cumplimentar por separado, en el resumen resultados , veras la modalidad que mas te interesa.
Casi seguro que DOS individuales, aunque la de ella salga CERO.
Si no tienes las rentas cobradas por sus trabajos, puedes calcular su importe de forma aproximada aplicando al total de cotizaciones pagadas , el 5% (Divides las cuotas pagadas entre 0,05).
Saludos