La documentación la estás presentando (realmente la presentaste) en plazo. No obstante, la sanción sí corresponde porque la liquidación que hiciste correspondiente al segundo trimestre, aunque presentada en plazo, fue incorrecta. Insisto, depende del humor del inspector, esto es te pueden sancionar o no. A mí unas veces me ha llegado, otras veces no, además por importes de 70 € que recuperas, pero luego te meten 150 ... estupideces aparentes, pero que si el que manda lo pide, se hace porque sus razones tendrá. Por eso te comentaba .... valora si te merece la pena, yo en tu caso si tienes las fras. controladas, los libros de registros limpios y acorde a lo que exige la norma, y todo controlado en todo el año ... lo presentaría también.
Respecto al 390, yo trabajo la presentación con el programa contable directamente, y éste me permite meter bases manualmente si es necesario (a martillo lo llamo yo). Entiendo que en tu caso con esa aplicación también debería poderse hacer. Efectivamente, corrige los valores a los correctos en el 390, aunque no coincidan con los trimestrales presentados, dado que ya has dejado manifestado por escrito antes de presentar el modelo que la has pifiado en el 2 trimestre.
Saludos.
Si me lee, verifique que yo no diga estupideces. Tenga criterio propio.