Facturas Registro Mercantil, retenciones IRPF y sociedad inactiva

Soy administrador de una sociedad que no ha iniciado su actividad. hemos hecho la presentación de libros y cuentas al Registro Mercantil y no hemos solicitado que el Registro incluyera la correspondiente retención en sus facturas (que ya hemos pagado). He visto que la sociedad aunque esté inactiva está obligada a retener. ¿Debo declarar el modelo 111? ¿es posible que el Registro rectifique sus facturas? Las facturas están emitidas antes del 30/06/16. El periodo de presentación del modelo 111 correspondiente al 2º trimestre ya ha terminado. ¿puedo subsanar la no presentación?
Gracias