Se trata de una Donación en la que la tributación es por el ISD, no una venta. El coste es por parte de donatario (el beneficiario de la donación)
Si el inmueble esta situado en Madrid, aunque el hijo no resida en Madrid, el Impuesto de Donaciones se tributa en Madrid, donde este impuesto esta bonificado con el 99% de la cuota tributaria.
En efecto el valor de transmisión (Donación) en este caso será en función del valor de la Nuda Propiedad que se transmite , donde el Usufructo queda para el donante. esto mismo será aplicable a la posible plusvalía que el donante tiene que declarar en su IRPF
Te pongo el enlace de una consulta vinculante al respecto. v0366-17
https://petete.minhafp.gob.es/consultas/
Saludos