Modificación Modelo 349.

Soy un trabajador autónomo que presta servicios en el extranjero.
He facturado a una empresa italiana los servicios que realice en italia y que he declarado en el 349.
Al presentar la factura me han dicho que no me pueden aceptar la factura por que los servicios se han realizado para dos empresas diferentes (a la que le he facturado y a otra), aunque  el importe es correcto, pero que tengo que hacer dos facturas diferentes.
La nueva empresa es suiza.
¿ Que tengo que hacer ahora ?
* Modificar el 349 ?
* Como hago la factura a la empresa suiza ?
NO se que es lo que procede ahora.
Espero vuestra respuesta. Un saludo. Ricardo García.