No sé si te he entendido bien con lo de los contratos, has tenido 9 meses contrato temporal y el resto indefinido.
El 2% de los contratos temporales es el mínimo a retener obligatoriamente aunque no llegues al tope anual para tributar, es decir, no es que te tengan que retener solo un 2%, el cómputo se realiza a razón del sueldo que tengas.
Si los tres meses restantes te han transformado el contrato indefinido y además te ha subido el sueldo, lo que han hecho es regularizar el porcentaje anual en relación a lo que ya te habían retenido.