Hola Alvaro,
en cuanto a las cuotas tributarias derivadas de cada impuesto, recargos legales y los intereses de demora por la falta de ingreso a tiempo solo es responsabilidad de tu empresa, las cuales no se pueden eludir su declaración y pago bajo ningún pretexto.
En cuanto a la sanción tributaria, separada en acto administrativo de la anterior, que se imponga a tu empresa como sujeto infractor y responsable de su pago, en este último concepto puedes exigir responsabilidad civil a la asesoría si consigues demostrar que teniendo conocimiento de la operación la omitieron de tus declaraciones y registros contables sin tu consentimiento. De hecho, las asesorías formalizan seguros de responsabilidad civil y se asocian a colegios profesionales para hacer frente a estas contingencias, de lo cual no suelen informar a sus cliente porque a la hora de reclamar a los seguros les es costoso ya que estos también tratan de escurrir sus obligaciones contractuales. Negocia con tu asesoría antes de acudir a la vía judicial, a veces tratan de compensar a los clientes por estos errores no cobrando por sus servicios durante X periodo de tiempo y así se evitar reclamar a su seguro en el caso que tuvieren, etc, etc.
La derivación de la responsabilidad que comentas se produce en los casos que el obligado tributario principal y los responsables solidarios (como administradores de la empresa) son declarados fallidos en el pago de la deuda tributaria y entonces la AT tratar de trabar a otros intervinientes en la operación. Casos ya muy extremos.
Espero haberte ayudado algo porque lo he explicado todo un poco lioso.
S2