No se si te refieres a refinanciar que seria ampliar plazo o importe de tu actual hipoteca o a amortizar parte de la deuda.
Si es la segunda el dinero que aportes paea amortizar la hipoteca,va a reducir el capital pendiente, con lo cual al mes siguiente debes menos por lo que pagaras MENOS INTERESES y MAS CAPITAL ya que las hipotecas suelen utilizar el sistema frances.
En cuanto a donde se aplica los dineros que amortizes el deudor siempre tiene la potestad, de decidir donde o a que va a amortizar otra cosa es que el banco ilegalmente aplique esas cantidades como le de la gana que suele ser primero a gastos, luego a intereses y lo ultimo de lo ultimo al capital pendiente. Esto lo hacen si tienes deuda, si es solo amortizar capital y estas al corriente de pago ira directo a reducir la deuda que tienes, excepto si tienes una comision de amortizacion parcial eplo. 1% que deduciran antes de reducir el capital pendiente.