Da igual que saque el dinero nada más cobrar, entiendo que de momento es moroso pero el procedimiento no ha ido más allá. De darse el caso de que fueran contra la nómina, daría igual sacar el dinero, porque sería la empresa la obligada a retener el pago, es decir, el embargo sería antes de que llegase el dinero a la cuenta.
En cuanto al tema que nos ocupa, yo en principio no me preocuparía de la deuda con hacienda a efectos de posibles embargos, más allá de que, en un futuro, puedan retenerle pagos y tengan problemas para pagar la hipoteca (por falta de liquidez, no por otra cosa).
Mi consejo es, por tanto, que pague cuando antes la deuda con hacienda simplemente para evitar futuros problemas, al margen de la concesión, o no, de la hipoteca en su caso.