Buenas goyoaor,
Como indicas, el vendedor tiene que abonar el Impuesto por Incremento de Valor de los Terrenos de Naturaleza Urbana (plusvalía) y tienes un plazo de 1 mes desde la venta para abonarlo. Este es el único gastos que tendrías como vendedor, los gastos de Notario y de Registro los suelen pagar el comprador aunque se puede pactar que vayáis a medias.
Por otra parte, al ser una transmisión de un local de segunda mano, estaría gravado por el Impuesto de Transmisiones Patrimoniales (ITP). Sin embargo, al comprarlo una empresa, puede renunciar expresamente a pagar ITP (entre el 8-10%) y pagar IVA (al 21%). Eso lo decide la empresa compradora, que es la que lo paga, y quizás le beneficie más pagar IVA porque puede autorepercutírselo como inversión en el sujeto pasivo en sus cuentas. Te enlazo a una respuesta de Juan Lackland para una duda similar: https://www.rankia.com/foros/fiscalidad/temas/3132750-venta-local-comercial-tributacion#respuesta_3134579
Si te ha quedado alguna duda, me comentas, saludos!