El precio global que pagues en la escritura de compra hay que distribuirlo entre las tres cosas ya que la ley obliga a ello pero no tiene mayor importancia (más allá del tema fiscal). Solo es decir que, por ejemplo, de los 150.000€ que se pagan, 120.000 corresponden al piso, 20 al parquing y 10 al trastero, por ejemplo. El precio lo podéis repartir como querais. Si hay margen intentad que en el reparto se cumplan los precios mínimos de venta que la Comunidad Autónoma en la que están los inmuebles fije, básicamente para evitar posibles liquidaciones complementarias.
Si solo hipotecas un inmueble no hay que distribuir nada. Si hipotecas más de una cosa sí que será necesario distribuir esa hipoteca entre los dos (o tres) inmuebles. De eso se encarga el banco y se refleja en la escritura.
En el Registro se inscribirá la compra y la hipoteca. Si la hipoteca sólo recae sobre la vivienda sólo se inscribira la hipoteca en la vivienda. Si la repartes, también habrá que hacerla constar en los otros bienes (y eso encarece los gastos de Registro ya que son más inscripciones).
La mecánica es efectivamente como dices.
