Tal vez te ayude consultar la web del fabricante para acabar de entender las diferentes opciones. Debes saber el modelo que tienes.
Por lo que dices el primer "backup" te lo dejaría CASI como de fábrica. Si la unidad D ya estaba configurada de fábrica posiblemente no te la altere, pero algunos fabricantes, en coherencia con la política privativa y excluyente de M$, pretenden apropiarse de todo el disco duro si no estaba previamente creada.
En principio, y por tus anteriores quejas sobre la disminución del espacio libre de disco, si no te importa puede ser mejor volver al estado de fábrica que restaurar el sistema como estaba hace un mes.
Si formateas solamente la unidad C:, no debe afectar para nada la unidad D:. Sin embargo, si hay programas instalados en D, puede que no todos funcionen correctamente porque suelen instalar parte de sus datos en la carpeta Windows de C:.
Finalmente, si tienes datos personales, sea en C: como en D:, lo mejor sería copiarlos a una unidad externa, ya sea USB, DVD o disco duro externo antes de hacer nada sobre el disco duro del ordenador.