Podríamos tirarnos horas y escribir muchas páginas para matizar lo que dices, no lo voy a hacer por tiempo y extensión así que intentaré ser todo lo breve que pueda.
Para empezar la Iglesia católica (pero también las demás sectas cristianas) están organizadas jerárquicamente, el islam no. También hay diferencias geopolíticas en la actualidad que hacen que la situación de los países mayoritariamente musulmanes sea la que es; por ejemplo, el nivel educativo y económico en muchos países ha disminuido notablemente; también hay que tener en cuenta que el fanatismo religioso islamista ha sido apoyado y fomentado deliberadamente por USA y la CIA desde los años 70, ahora cosechamos las consecuencias.
Yo no voy a entrar en simplificaciones ni en dar lecciones. Para empezar el islam, de tolerante, nada (o muy poco) desde el principio. Te pediría que leyeras el Corán, la Sunna o los distintos hadices que relatan la vida de Mahoma y los primeros seguidores del islam. Aunque en cualquier libro de historia verás que la expansión del islam, empezando por la conquista de Arabia, fue tremendamente violenta, fue un auténtico genocidio y el Estado Islámico lo único que está haciendo es repetir esos esquemas pues siguen un islam de corte fundamentalista. Si lees los hadices verás multitud de decapitaciones al estilo del EI, te cuelgo un enlace donde verás los asesinatos instigados por el profeta Mahoma, Jesús de Nazaret no estuvo involucrado en nada parecido por lo que verás que los fanáticos islamistas lo único que hacen es seguir a su líder y continuar su obra, no ir hacia atrás:
http://wikiislam.net/wiki/Lista_de_asesinatos_ordenados_o_apoyados_por_Mahoma
Lo que tú hablas de tolerancia, cultura, ciencia, matemáticas... no tiene que ver con el islam sino con la cultura persa que quedó en los países donde fue avanzando el islam. Con el tiempo ya has visto cómo la religión islámica y la sharia han acabado por aplastar todo esto, como también hizo eso mismo el cristianismo en la Edad Media hasta que el Renacimiento y sus filósofos, artistas e investigadores (heterodoxos y herejes la mayoría) permitieron avanzar en el conocimiento apoyados por los valores y escritos paganos de la Grecia y Roma clásicas (muchos de ellos pagaron con su vida o fueron encarcelados o torturados, y multitud de libros fueron quemados e incluidos en índices de libros prohibidos).
En cuanto al cristianismo también tuvieron unos siglos sin aplicar la violencia (de hecho muchas veces eran los cristianos los que la recibían) hasta el siglo V, por tanto es falso que el cristianismo siempre haya evolucionado a mejor. El cristianismo desde el siglo XIX lo único que ha hecho es que ha tenido que adaptarse al secularismo, al escepticismo derivado de los avances científicos y a la pérdida del poder temporal en beneficio de estados democráticos y laicos con leyes civiles que les impiden seguir cometiendo tropelías. Son sólo dos siglos de "mejora" como tú la llamas, aunque exactamente nos tendríamos que limitar al siglo XX y más en concreto a la segunda mitad del mismo, a partir de 1950, pues antes se dedicaron a condenar la modernidad (bueno, eso lo siguen haciendo ahora), canonizar inquisidores y asesinos como Roberto Belarmino (el "martillo de herejes" de la Inquisición, es santo desde 1930, Dios le guarde en su gloria) o apoyar dictaduras fascistas como las de Franco, Hitler o Mussolini.
Un saludo.