Están conectadas con el SEND pero son aplicaciones informáticas diferentes.
Una es la aplicación de valores de la entidad, que no tiene nada que ver con el SEND, y en la que figuran los bloqueos de los valores, por ejemplo, cuando se da una orden de venta, o de canje, o cualquier otra cosa, como un embargo, una pignoración, etc. y que también por ejemplo recoge la información fiscal, los números de cuentas donde se abonan y cargan los movimientos derivados de las operaciones de valores, etc.
Otra es la aplicación informática del SEND, donde se recogen las órdenes de compra y venta, etc.
Una y otra está conectada, pero no quiere decir que sea tan automático.
Por ejemplo, la aplicación de valores de tu entidad si pones una orden con una fecha puede ser perfectamente que la anule a las 23:59:59 y no se preocupe de cuándo está cerrado el mercado (entre otras cosas porque no todos los mercados cierran a la misma hora).
Sin embargo, como tu dices, si se venden en el SEND las preferentes puede ser que la aplicación, en virtud de esa conexión haga desaparecer de los títulos disponibles los que se hayan vendido.