El Tesoro, en tu primera inversión en Letras, no te transfiere intereses. Lo que te transfiere es el sobrante de tu compra de Letras. Tú no has comprado 60 letras a 1.000€ cada una, sino que has comprado letras a, por ejemplo 970€ (suponiendo 12 meses a un 3%). Esto quiere decir que has invertido 60 x 970 = 58.200€. Los 1.800€ restantes te los devuelven sin comisión de transferencia.
En tu reinversión, el Tesoro ya tiene 60.000€ tuyos de la inversión inicial. Supongamos que vuelve a ser un 3% a 12 meses. Vuelven a sobrar 1.800€ y estos te los transfiere, pero estos sí tienen comisión, un 0,15%, que serían unos 2,7€.
Si hablamos de inversiones pequeñas, de 1.000€, el sobrante serían 30€, y la comisión calculada sería 0,045€. Pero como el mínimo son 0,90€, pues te estarían cobran 0,855€ "de más".
En el caso de reinversiones de 10.000€, el sobrante sería 300€ y la comisión 0,45€, pero te siguen cobran 0,90€.
En resumen: sí te cobran comisiones en las reinversiones. Sí te las cobran, y si hablamos de cantidades inferiores a 20.000€, las comisiones son caras.