A no ser que pudieras acogerte al régimen especial de trabajadores temporalmente desplazados al extranjero, y si resides es Suiza más de 183 días, tendrías que tributar por estas ganancias de capital en Suiza (artículo 13.3 del convenio de doble imposición España-Suiza.
http://www.minhap.gob.es/Documentacion/Publico/NormativaDoctrina/Tributaria/CDI/BOE_Suiza.pdf
Te conviene profundizar un poco más y ver si te interesa tributar como residente fiscal español o suizo.