Hola José,
La figura del cheque viene regulada en la Ley 19/1985, de 16 de julio, Cambiaria y del Cheque. Aquí te dejo el enlace por si quieres echar un vistazo.
https://www.boe.es/buscar/act.php?id=BOE-A-1985-14880
Qué dice el BdE al respecto?
"Si usted es el beneficiario o poseedor de un cheque emitido por otro, lo primero que debe tener en cuenta es el plazo para el cobro que establece la Ley Cambiaria y del Cheque (15 días desde su fecha de emisión para los emitidos o pagaderos en España). Por otra parte, debe decidir como cobra el cheque. Hay distintas posibilidades:
* En efectivo. No hay que pagar comisión, salvo que pretenda cobrar el cheque en una oficina distinta a la de la cuenta del firmante, en cuyo caso le pueden exigir una comisión por comprobación de saldo y firma.
*Abonarlo en una cuenta suya de la entidad que lo paga, si la tiene abierta. No hay que pagar comisión.
*Abonarlo en una cuenta suya de una entidad distinta a la que lo paga. Por lo general, le cobrarán comisión. Si tiene cuenta en varias entidades, puede ser interesante comparar las comisiones bancarias que cobran antes de decidir en cuál de ellas ingresa el cheque.
Cuando el cheque se lleve para su ingreso en cuenta, la entidad extenderá un justificante, en la que figurarán los datos más relevantes (número, importe, librado)."
http://www.bde.es/clientebanca/es/areas/Productos_Bancar/Efectivo_y_chequ/Cheques/Que_debe_hacer_e/En_el_cobro_de_u/
Y aquí otro enlace al BdE en el que se trata el tema de las comisiones bancarias relativas a los cheques.
http://www.bde.es/clientebanca/es/areas/Productos_Bancar/Efectivo_y_chequ/Cheques/Cuales_son_las_c/
Con respecto al hecho de querer cobrarlo en la sucursal del Santander y haberte puesto pegas, personalmente imagino que al tratarse de una cantidad superior a los 3.000€, y en función de varias circunstancias, podrías dejar a esa sucursal en un aprieto por falta de efectivo para pagar a otros clientes.
Ojo que digo que cabe esa posibilidad, no que sea así... 3.000 y pico de euros no son 30.000€, pero tampoco son 200€, con lo cual entiendo que puedan poner pegas si no avisas con antelación. Pero claro, tampoco tienes cuenta en el Santander y quizás no sirva ni siquiera el avisar con tiempo. Lo desconozco.
Por el hecho de ser de otra sucursal no deberían negarte el pago, lo que ocurre es que sí que podría conllevar una comisión, y como tú mismo indicaste, irá en función de cada entidad bancaria.
Otra opción para salir de dudas y recibir información exacta sería acercarte, si tienes la posibilidad, a la sucursal del BdE en Valencia (situada en la calle Barcas, 6) o bien llamar al teléfono de consultas 91 338 8830, en horario de 8:30 a 17:00h.
O si lo prefieres, puedes realizar la consulta a través de la oficina virtual del BdE:
https://sedeelectronica.bde.es/sede/es/menu/ciudadanos/Reclamaciones___2e85b7714582d21.html
Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo.
PD: Perdonad por el ladrillazo.
