Tu confusión es muy habitual. Tienes contratado un seguro multirriesgo, no un "todo-riesgo" (eso no existe). Es decir, el seguro tiene una serie de coberturas por sucesosaccidentales y bajo ciertos supuestos. Evidentemente, a ti (como a tantísimos otros) te han "colacado2 el seguro, y no conoces sus coberturas ni te han dado ningún tipo de asesoramiento profesional.
Si el perito te ha dicho que no está cubierto, sólo puedes coger tu condicionado y leerlo para ver si es verdad. De todas formas, dado que han sido fenómenos meteorológicos extraosdinarios, el Consorcio te cubrirá el siniestro. ¿por qué cntrataste un siniestro con franquicia? Supongo que por ahorrar o por mala venta por parte de quien te lo vendió, pero la franquicia supone exactamente lo que te han dicho.
El perito es normal que sea externo. Las compañías no tienen peritos, fontaneros, electricistas, albañiles... en plantilla, este tipo de servicios suelen subcontratarse a gabinetes periciales o a peritos titulados, ellos tasan tu siniestro y el de un montón de personas más en la zona, de tu compañía o de otras.
El hecho de que nunca hayas declarado un siniestro no supone una diferencia en las coberturas, que son las que son (a menos que el perito esté equivocado, lo que puedes comprobar fácilmente leyendo las condiciones de tu póliza). La prima (el recibo) de cada año cubre el riesgo de cada año, y el contador se pone a cero en la anualidad siguiente. Puede haber compañías que tengan un trato económico especial si no se declaran siniestros en cierto número de años, descontando una parte del recibo, pero eso nada tiene que ver con la aceptación o no de un sniestro que, como te digo, depende de lo que digan las condiciones de la póliza.
Espero haber aclarado tus dudas. Para el año que viene, busca un buen agente de seguros y que te asesoren correctamente.