Pienso como tú Talk Talk, entiendo que independientemente de lo que factures si tienes la obligación de retener será del 15% a no ser que estes dentro de tus primeros 3 años de actividad(se retenería el 7%)
Si te das de baja como autónomo el alquiler iría a nivel particular y no debería de haber retención en el alquier esos meses que lo vas a usar como almacen entiendo yo.
Entiendo que debes realizar factura. Otra cosa es que el cliente luego no te la pida.
Existen programas que permiten generar facturas con la periodicidad que tu le indiques, de esta manera te ahorras mucho tiempo y te olvidas del tema.