Supongo que la limitación de 2.500€ es para no favorecer pagos o la circulación de altas cantidades de efectivo, que normalmente se realiza con dinero dinero B o procedente de actividades ilegales (tráfico de drogas, prostitución, contrabando, robos al fisco, etc.).
Pienso que si alguien tiene que pagar un importe elevado (y lo hace con dinero legal) resulta mucho más fácil, seguro y cómodo hacerlo mediante tarjeta o cheque, y no empleando efectivo. A mí no se me ocurriría sacar en una entidad bancaria 10.000 € para ir a pagar por ejemplo una motocicleta que vaya a comprarme, cuando ese mismo pago puedo hacerlo con tarjeta. Pero, ojo, respeto que alguien quiera hacerlo y le parezca algo normal... Para gustos los colores.
Si no estoy equivocado, lo que la ley persigue son los ingresos en efectivo superiores a esa cantidad. Pero no dice nada respecto a la retirada. Eso es otra cosa. Alguien saca dinero de su cuenta bancaria, dinero en "A", y puedes sacar todo el efectivo que le apetezca con la única limitación de avisar con la suficiente antelación a su entidad para que lo tenga preparado.