Hola Nolo82,
Comisión cobran siempre, todos los meses cobran 3 euros de comisión de mantenimiento y 3 euros de las tarjetas. Si a partir de ahora ya no puedes hacer el ingreso periódico dejarás de recibir intereses y los 3 euros de comisión de mantenimiento se siguen pagando. Si después de tres meses sigues sin cumplir requisito de ingreso periódico además de no recibir intereses aumentan las comisiones de mantenimiento, en vez de 3 euros al mes serán 8 euros al mes de comisión (esto a partir del tercer mes sin cumplir requisitos).
Cuentas donde tener el dinero y que no tengan comisiones hay muchas. Si solo es para meter y sacar dinero, con buena rentabilidad, tienes la cuenta wizink que da un 0,50%. Si tienes 3 recibos para domiciliar te puede interesar la cuenta de openbank 1,75% los 3 primeros meses y luego un 0,40%. También esta la cuenta de Coinc al 0,30%. ING también esta bien pero la rentabilidad es pequeña.