En Bankia, yo he probado por app, y no me pide SMS. Pero la comunicación que hicieron indicaba que había que instalar la última versión, y si vas al play store (por ejemplo, para Android), indica en las novedades lo de la doble autenticación.
Espero que no quiera decir que la versión nueva sí lo pide y la antigua no, y se pueda seguir usando, porque entonces la seguridad queda en entredicho.
Con respecto a
BBVA, Goldstar indicó que por web ya lo pide, pero por la app yo entro sin sms. No sé si por tenerla instalada de antes, por no actualizar, o que será mañana o qué.
En MyInvestor indicaron que comenzarían el 16 evitando así el finde, y la clave OTP la pedirían siempre, no cada 90 días.
En Pichincha, como bien indicó Pvila314, desde ayer ya pide la OTP (al menos en app que es lo que probé), e indica que lo pedirá cada 90 días, no siempre.