Creo que debes hablar con Bankinter para cancelar el cheque si no se ha cobrado.
En mi empresa nos emiten cheques y alguna vez no nos han llegado y los hemos reclamado. En esos casos nos han hecho firmar un documento de renuncia/pérdida de ese cheque número xxx para que el pagador cancelara ese cheque y posteriormente emitiera uno nuevo.
Pero antes de pedir que emitan uno nuevo tienes que verificar que ese cheque no ha sido cobrado ni se va a cobrar y cancelarlo correctamente.
Lo que no sé es si el banco te cobrará algo por cancelar un cheque y emitirlo de nuevo, pero lo mejor es que hables con ellos.
Pero si un cheque no se ha cobrado y se ha perdido, el dinero no debería estar perdido, los cheques pueden anularse, pregunta cuanto antes por si hay plazos.
Suerte.