Tras buscar un poco más de información, he encontrado este documento:
http://www.agenciatributaria.es/static_files/AEAT/DIT/Contenidos_Publicos/CAT/AYUWEB/Biblioteca_Virtual/Manuales_practicos/Sociedades/Manual_Sociedades_2012.pdf
En su Capítulo IX, apartado "Operaciones y situaciones relacionadas con países o territorios considerados como paraísos fiscales", en la página 269, aparece una lista de paraísos fiscales según el Real Decreto 1080/1991, de la cual han eliminado diversos países que originalmente estaban en esa lista de año 1991, lo cual explican abajo, en letra más pequeña, en la aclaración "(1)".
En ese texto aclaran que hay varios países que "han dejado de estar incluidos en el listado de paraísos fiscales". Entre ellos está la República de Malta, la cual, según indican ahí, dejó de estarlo a partir del 12 de Septiembre de 2006. Ésta es la cita exacta:
"Con efectos desde el 12-9-2006 y 2-4-2007 (fecha de entrada en vigor del CDI respectivo), la República de Malta (MT) y los Emiratos Árabes Unidos (AE) han dejado de estar incluidos en el listado de paraísos fiscales"
En la página de la AEAT que puse en mi post anterior aparece justo esa fecha (12-9-2006) como día en el que entra en vigor el CDI (Convenio para evitar la Doble Imposición) en Malta, y abajo explican:
"Dejarán de tener la consideración de paraíso fiscal los países y territorios que firmen con España un Convenio para evitar la doble imposición (CDI) con cláusula de intercambio de información o un acuerdo de intercambio de información en materia tributaria en el que expresamente se establezca que dejan de tener dicha consideración, desde el momento en que estos convenios o acuerdos se apliquen"
Con lo cual parece que Malta lleva ya años sin ser considerado paraíso fiscal, así que @supereddie, es posible que la persona de SelfBank que te atendió no tuviera información actualizada sobre el tema y por eso te dijo aquello, aunque desde Septiembre de 2006 han pasado casi 8 años, así que no entiendo como puede no estar informado de esto. No me puedo creer que alguien que trabaja en un banco sepa menos de este tema que yo buscando un rato en Internet. Quizá me esté pasando algo por alto...
El caso es que en principio parece que no debería haber ningún problema en las operaciones con entidades de Malta.
Pero si alguien puede aportar más información que confirme o desmienta esto, por favor comentadlo.