El FGD es seguro hasta que deje de serlo.
Me explico, el FGD está constituido por fondos que las propias entidades bancarias están obligadas a aportar. Sus recursos son limitados, por lo que no habría problema en cubrir la quiebra de un banco o caja pequeño o mediano, pero en caso de colapso del sistema (algo muy improbable) difícilmente podría responder a todos los fondos garantizados por ley.
De todas maneras es algo que no te ha de quitar el sueño. La situación de quiebra de todos los bancos, o de alguno importante, no creo que se pueda dar (claro que solo es una opinión), antes se produciría una intervención de la entidad para evitar su caída.
Un saludo