Vamos a ver:
Si se tienen depósitos de Popular físico vinculados a cuentas de Popular-e.com, desde el acceso a internet de éste último se ve todo sin problemas.
Si por otro lado también se tiene cuenta en Popular físico, desde el acceso a clientes de éste también se ve todo lo que tengas contratado en Banco Popular-e.com
Lo que te dicen es correcto puesto que en el caso de que no tengas ninguna cuenta abierta en Popular-e.com, no eres cliente de esa entidad por lo tanto no puedes acceder a través de su banca por internet... y viceversa.
Saludos